Institut je osnovan 27. prosinca 1947. godine odlukom Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti - JAZU (od 1992. godine Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti – HAZU). Tijekom 1948. godine provedene su sve pripreme za rad Instituta, a godinu dana kasnije službeno je zaživjela znanstveno-istraživačka djelatnost ustanove pod imenom Institut za higijenu rada. 

Godine 1958. Institut i zakonski postaje samostalna znanstvena institucija. Nakon toga, 1959. godine mijenja ime u Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada (IMI) po kojemu je prepoznatljiv do 1974. godine. Te godine Institut postaje članom Sveučilišta u Zagrebu, i ponovo mijenja ime u Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada Sveučilišta u Zagrebu. Zbog novih zakonskih odredbi donesenih 1993. godine Institut prestaje biti članom Sveučilišta te od tada ima ime kao i danas, Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada.

Od 1990. do 2003. godine, znanstveno-istraživačku djelatnost Institut provodi u nadležnosti Ministarstva znanosti i tehnologije Republike Hrvatske.

Danas je Institut druga po veličini znanstveno-istraživačka ustanova u Republici Hrvatskoj. Od 2004. godine u  nadležnosti je Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske.